亀山がよくやる「手抜き」PC クラスタのセットアップ (buster 編)

最終更新日: 2020年9月17日(木)

まえがき

端的にいうと ハードウェア以外は「0円」 で 「俺様の専用機」 を作る、というつもりのものです。 基本的な仕様や構成は以下のような感じ。 

     eth1      +------+     eth0
---------------+ mck1 +--------------+ /home/kameyama
   外向きの    +------+ 192.168.10.1 |
  IP アドレス                        |
               +------+     eth0     |
               | mck2 +--------------+ /home/kameyama
               +------+ 192.168.10.2 | -> 192.168.10.1:/home/kameyama
                                     |
               +------+     eth0     |
               | mck3 +--------------+ /home/kameyama
               +------+ 192.168.10.3 | -> 192.168.10.1:/home/kameyama
                                     |
               +------+     eth0     |
               | mck4 +--------------+ /home/kameyama
               +------+ 192.168.10.4   -> 192.168.10.1:/home/kameyama

親機に Debian GNU/Linux をインストールする

こういう時に亀山がとる手順は以下のような感じ。

  1. インストーラを用意する。

    http://www.debian.org/CD/ から必要なもの (例えば amd64 用の netinst CD イメージ) をダウンロードしてくる。 その後、例えば以下のような手順で、ダウンロードしてきた CD イメージを (中身が潰れても惜しくない) USB メモリに書き込む。 

    # cat debian-10.0.0-amd64-netinst.iso > USBメモリのデバイス名 (/dev/sdb とか)
    当然ながら、デバイス名の指定は慎重に。 間違った指定をすると、最悪の場合は内蔵ハードディスクを潰してしまうこともありえます。

  2. 最小限のシステムのインストール。

    上で作った USB メモリから起動すると、インストーラが立ち上がり、インストールへと進む。 亀山がやる場合、この時点では (ほとんど) 何のパッケージもインストールしない。 tasksel の選択画面が起動しても、全て解除して進める。 終わったら再起動。

  3. 必要なパッケージのインストール。

    再起動したら、追加でパッケージのインストールを進める。 だいたいは以下をインストール指定しておけば、他に必要なパッケージも「いもづる」式にインストールされる。 

    # apt install g++ gfortran libopenblas-dev libopenmpi-dev make openssh-server openmpi-bin

    その他、亀山は (自分の好みの問題で) 以下もインストール指定する。 

    # apt install bzip2 less sudo tcsh xauth

  4. ネットワークの設定。

    /etc/network/interfaces を以下のような内容に修正。 内向き LAN (この例では eth0) の設定はこの通りだが、外向き LAN (この例では eth1) の設定はネットワーク環境によって異なるので、それぞれ正しいものに書き換えるべし。 また、Debian 9 (stretch) 以降のバージョンでは、ネットワークインターフェースがこれとは違った新しい規則で命名されることにも注意。 

    auto lo
iface lo inet loopback
allow-hotplug eth0
iface eth0 inet static
	address 192.168.10.1
	netmask 255.255.255.0
	network 192.168.10.0
	broadcast 192.168.10.255
	gateway 0.0.0.0
allow-hotplug eth1
iface eth1 inet static
	address ???.???.???.???
	netmask ???.???.???.???
	network ???.???.???.???
	broadcast ???.???.???.???
	gateway ???.???.???.???

子機をネットワークでブートするための準備

ここの設定も全て親機上で行う。 親機 の /srv/nfsroot に子機用のシステムを構築する。 また子機は親機から DHCP で IP アドレスを受け取り、親機内の /srv/tftp 以下にあるカーネルイメージを用いて PXE でブートさせる。

  1. 必要なパッケージのインストール 
    # apt install tftpd-hpa pxelinux initramfs-tools isc-dhcp-server nfs-kernel-server ntp
  2. tftpd と PXE の設定。

    tftpd の設定ファイル /etc/default/tftpd-hpa はデフォルトのままで使う。

    • /srv/tftp/pxelinux.cfg/default を以下の内容で作成。 当然ながら NFS 親機の IP アドレスは内向きのものを。 またルートファイルシステムを read-only にした場合 (安全を期そうとしたのだが) には、子機からうまく NFS マウントできなかった。 
      LABEL linux
DEFAULT vmlinuz root=/dev/nfs initrd=initrd.img nfsroot=192.168.10.1:/srv/nfsroot ip=dhcp init=/bin/systemd rw quiet
    • PXE ブートに必要なファイルの準備。 上記の設定により、子機のブート用のカーネルイメージは vmlinuz という名前にしておくことに注意。 
      # cp /boot/vmlinuz* /srv/tftp/vmlinuz
# cp /usr/lib/syslinux/modules/bios/ldlinux.c32 /usr/lib/PXELINUX/pxelinux.0 /srv/tftp
    • ブートのための RAM ディスクを作る。 この際に注意すべきであろうことは、親機用の initrd を作るためのディレクトリ /etc/initramfs-tools/ とは別の作業用ディレクトリを用意して作業すること (さもなくば、親機の initrd が書き換えられてしまいます)。 以下の例では、/srv/initramfs-tools という作業ディレクトリを新たに作って作業することにする。
      • 作業ディレクトリを準備する 
        # mkdir /srv/initramfs-tools
# cp -Rp /etc/initramfs-tools/modules /etc/initramfs-tools/scripts /srv/initramfs-tools/
      • 子機の RAM ディスク用の設定ファイルとして、/srv/initramfs-tools/initramfs.conf というファイルを作成し、以下の記述を行う。 なお、以下で使用する mkinitramfs コマンドの仕様により、ファイル名は必ず initramfs.conf にしておくこと。 
        MODULES=netboot
BUSYBOX=y
KEYMAP=n
COMPRESS=gzip
DEVICE=
NFSROOT=auto
BOOT=nfs
      • 次のコマンドにより /srv/tftp/initrd.img を作る。 
        # mkinitramfs -d /srv/initramfs-tools/ -o /srv/tftp/initrd.img
    • tftp 用ファイルのパーミッションの設定 
      # chmod -R 777 /srv/tftp
    ここまでできれば tftpd の再起動。 
    # systemctl restart tftpd-hpa
  3. DHCP サーバーの設定。
    • /etc/dhcp/dhcpd.conf を編集する。 たぶん以下のようなものがあればOKのはず。 filenameは PXE ブート用のブートローダとなるファイル名を指定し、そのファイルを持っているサーバーの IP アドレスを next-server に指定する。 子機の MAC アドレスは事前に調べておきましょう。 例えばどうにかして Linux を起動しておき、/sys/class/net/(インターフェース名)/address の中身をみれば MAC アドレスが分かります。 
      authoritative;
allow booting;
allow bootp;
subnet 192.168.10.0 netmask 255.255.255.0 {
  option broadcast-address 192.168.10.255;
}
filename "pxelinux.0";
host mck02 {
    next-server 192.168.10.1;
    hardware ethernet ??:??:??:??;
    fixed-address 192.168.10.2;
    option host-name "mck02";
}
host mck03 {
    next-server 192.168.10.1;
    hardware ethernet ??:??:??:??;
    fixed-address 192.168.10.3;
    option host-name "mck03";
}
host mck04 {
    next-server 192.168.10.1;
    hardware ethernet ??:??:??:??;
    fixed-address 192.168.10.4;
    option host-name "mck04";
}
    • /etc/default/isc-dhcp-server を編集し、INTERFACESv4= に内向き LAN のインターフェース名 (この例では eth0) を追記。 ただしバージョン 9 (stretch) 以降の Debian を新規でインストールした場合には、ネットワークインターフェースがこれとは違った新しい規則で命名されることに注意。 
      INTERFACESv4="eth0"
    その後 dhcpd の再起動。 
    # systemctl restart isc-dhcp-server
  4. NFS サーバーの設定。 /etc/exports を編集。 たぶん以下のようなものがあればOKのはず。 
    /home	     192.168.10.0/255.255.255.0(rw,async,no_root_squash,no_subtree_check)
/srv/nfsroot 192.168.10.0/255.255.255.0(rw,async,no_root_squash,no_subtree_check)
    しかしバージョン10 (buster) の Debian になってからは、これだけだと子機で走らせていたジョブが (たぶん NFS 関係のトラブルで?) 途中で死ぬというトラブルが頻発した。 その対策のために、以下を追加してみるといいかも。
    1. /etc/idmapd.conf の中の以下の行のコメントを外す。 
      Domain = localdomain
    2. /etc/default/nfs-common に以下の行を追加する。 
      NEED_IDMAPD=yes
    その後 nfsd の再起動。 
    # systemctl restart nfs-kernel-server
  5. NTP サーバーの設定。 /etc/ntp.conf を編集。 たぶん以下のようなものがあればOKのはず。 
    server your_ntp_server
restrict 192.168.10.0 mask 255.255.255.0 nomodify notrap
    その後 ntpd の再起動。 
    # systemctl restart ntp
  6. ホスト名の登録。 /etc/hosts を以下のように編集する。 
    192.168.10.1 mck1
192.168.10.2 mck2
192.168.10.3 mck3
192.168.10.4 mck4

子機のシステムをインストールする

まずは親機上でシステムを作るところから。 既存のシステムを丸ごと複製する手もあるようだが、ここは Unix/Linux システムからの Debian GNU/Linux のインストール よろしく、debootstrap で作り直す。

  1. 必要なパッケージのインストール。 
    # apt install debootstrap
  2. システムの基本部分をインストール 
    # mkdir /srv/nfsroot
# debootstrap --arch=amd64 buster /srv/nfsroot http://ftp.jp.debian.org/debian
  3. 子機に必要なパッケージをインストール。 まずはシステムの稼働に必要なものを 
    # chroot /srv/nfsroot apt install console-setup locales nfs-common ntp openssh-server
    続いて、計算ジョブの実行に必要なものを。 
    # chroot /srv/nfsroot apt install g++ gfortran libopenblas-dev libopenmpi-dev make openmpi-bin
    その他、亀山は (自分の好みの問題で) 以下もインストール指定する。 
    # chroot /srv/nfsroot apt install bzip2 less sudo tcsh xauth
  4. /srv/nfsroot/etc/ntp.conf を編集。 たぶん以下のようなものがあればOKのはず。 
    server 192.168.10.1
    また pool を指している行は無効にしておくのがよさげかも。
  5. /srv/nfsroot/etc/network/interfaces を以下の通り修正。 
    auto lo
iface lo inet loopback
iface eth0 inet manual
  6. /srv/nfsroot/etc/fstab を以下の通り修正。 ここで /var/run を tmpfs とかにマウントしてしまうと、systemd が困ってしまうので注意。 また jessie の時と違って、/var/lock を tmpfs とかにマウントするのもダメらしい。 なお root ファイルシステムの指定は起動時になされているので、ここで書かなくても大丈夫のはず。 
    proc            /proc           proc    defaults        0       0
tmpfs           /tmp            tmpfs   defaults        0       0
tmpfs           /var/tmp        tmpfs   defaults        0       0
tmpfs           /var/log        tmpfs   defaults        0       0
192.168.10.1:/home /home        nfs     defaults        0       0
  7. NFS 関係の設定。 念のため子機にも親機と同じ設定をば。
    1. /etc/idmapd.conf の中の以下の行のコメントを外す。 
      Domain = localdomain
    2. /etc/default/nfs-common に以下の行を追加する。 
      NEED_IDMAPD=yes
  8. 子機に /etc/hostname はいらないので消す。 
    # rm /srv/nfsroot/etc/hostname
  9. 子機にも /etc/hosts はいるので、親機からもらってくる。 
    # cp -p /etc/hosts /srv/nfsroot/etc
  10. タイムゾーンの設定。 正式には chroot環境下で timedatectl set-timezone Asia/Tokyo とするのだろうが、/proc/ がマウントされていないと動かないようなので。 また /srv/nfsroot/etc/localtime は標準状態では /usr/share/zoneinfo/Etc/UTC へのシンボリックリンクになっているので、単純にコピーするのは危ないかも。 
    # ln -sf /usr/share/zoneinfo/Asia/Tokyo /srv/nfsroot/etc/localtime
  11. アカウントの調整。 root のパスワードをつけたり、一般ユーザーのアカウントを作ったり。 
    # chroot /srv/nfsroot passwd
ここまでできれば、子機をネットワーク経由でブートすればOK。

SSHの設定

クラスタを構成する全てのPCに、パスワードなしでログインできるようにしたい。

  1. 鍵の作成。

    以下の手順で、指示通りに進めていくと、秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa と公開鍵 ~/.ssh/id_rsa.pub ができる。 

    $ ssh-keygen -t rsa

  2. 公開鍵の登録。 

    $ cat ~/.ssh/id_rsa.pub >> ~/.ssh/authorized_keys
$ chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys

  3. クラスタ内の他のPCに、パスワードなしで ssh でログインできることを確認。

OpenMPI の動作確認

例えばこんな Fortran プログラムはどうでしょう。 

program psample
  implicit none
  include 'mpif.h'
  character(len=MPI_MAX_PROCESSOR_NAME) :: hostname
  integer :: myrank,nprocs,ierr,hostname_len
  call mpi_init(ierr)
  call mpi_comm_size(mpi_comm_world,nprocs,ierr)
  call mpi_comm_rank(mpi_comm_world,myrank,ierr)
  call mpi_get_processor_name(hostname,hostname_len,ierr)
  write(*,'("Hello, I am rank",i4," out of",i4," running on ",a,".")') &
       myrank,nprocs,trim(hostname)
  call mpi_finalize(ierr)
end program psample
これを psample.f90 として作成し、 
$ mpif90 psample.f90
$ mpirun -np 2 ./a.out
$ mpirun -np 4 -host mck1,mck2,mck3,mck4 ./a.out
などとして、しかるべく動けばOK。

亀山真典 @ 愛媛大学地球深部ダイナミクス研究センター